Coupet đã có 34 trận chơi cho đội tuyển Pháp. Anh có trận ra mắt gặp đội tuyển bóng đá quốc gia Úc ở chiến dịch FIFA Confederations Cup 2001. Anh được triệu tập vào đội tuyển ở World Cup 2002 để làm dự bị cho Fabien Barthez nhưng không được ra sân trận nào. Trong năm tiếp đó, Coupet giữ sạch lưới trong 3 trận và chỉ để lọt lưới 3 bàn trong 5 trận của Pháp ở Confederations Cup 2003.

Vào tháng 2 năm 2006, tạp chí France Football đưa ra một cuộc điều tra ý kiến độc giả xem ai nên là thủ môn số 1 cho đội tuyển Pháp ở World Cup; Coupet nhận được 69 phần trăm phiếu bầu trong khi Barthez chỉ có 28 phần trăm.

Mặc dù Coupet ra sân trong 6 trên tổng số 10 trận đấu ở vòng loại cúp bóng đá thế giới 2006, huấn luyện viên Raymond Domenech bất ngờ chọn Barthez cho vị trí số một trong khung thành, điều này khiến Coupet lại phải ngồi ghế dứ bị một lần nữa. Nhiều người đã hi vọng Coupet sẽ được chọn để ra sân chính thức nhờ vào phong độ tốt ở Lyon. Điều này đã dẫn đến cuộc cãi nhau giữa Coupet và Domenech vào ngày 25 tháng 3 năm 2006 và kết quả là Coupet đã rời khỏi trại tập huấn ở Tignes cùng gia đình, nhưng sau đó anh đã trở lại và làm lành với huấn luyện viên.

Coupet trở thành thủ môn số một đội tuyển Pháp sau khi Barthez tuyên bố giải nghệ vào tháng 8 năm 2008. Anh cũng được chọn là thủ môn số 1 ở Euro 2008, để thủng lưới 6 bàn trong 3 trận và Pháp bị loại từ vòng bảng.

Ở vòng lại World Cup 2010, Hugo Lloris và Steve Mandanda được huấn luyện viên Domenech chọn là thủ môn chính, và Coupet chỉ được triệu tập vào trong vài trận.